在数据分析过程中，会需要用到非常多的软件，每个软件的安装方法都不太一样，每一个软件所依赖的系统环境也不尽相同，甚至会相冲突，如 Python2 和 python3 等。在 Linux 命令行安装软件与在 Windows 或 Mac 的可视化桌面安装软件区别较大。在这里我们简单介绍一下几款软件的安装方法，后文会对每一种软件的安装和使用方法做详细介绍。下一节也会详细介绍如何使用conda来管理软件包和环境。（注：Linux 用户分管理员用户和普通用户，管理员用户可以用 apt 或 yum 安装软件，但普通用户没有权限。以下介绍面向普通用户）对于普通用户来说，一般安装软件的流程是：下载安装包—解压—编译—添加环境变量（$PATH）

$PATH 变量记录命令所在的路径，但我们在 Linux 命令行输入命令时，系统会去 $PATH 变量中记录的路径寻找是否有该命令，如果有，就会执行，否则报错提示命令不存在。一个初始化的 $PATH 变量记录的路径如下：

上面以冒号 : 分割的每一个路径下都保存了很多命令，比如我们最常用的 ls 命令，就存在以下这个目录：

理解环境变量 PATH 是非常重要的，对后续的环境和软件管理都非常重要。比如部分用户会在自己家目录下创建一个 bin 文件夹并将其添加到环境变量，后续安装软件，就将软件的可执行文件拷贝或软连接到这个 bin 文件夹：

这种方法也是推荐使用的方法，简洁又高效。

二进制软件的安装比较简单，安装步骤主要是：下载—解压—添加到PATH。举个例子，GATK 是做基因组数据分析必不可少的软件，功能非常强大，但是其安装方法却很简单：

在没有添加到 PATH 之前，如果想要调用gatk，如调用帮助文档，需要用路径的形式调用：

将可执行文件软连接或者拷贝到 ~/bin 中，即可随时随地调用：

当然，GATK 依赖 java ，所以需要系统上安装了 java。新版本 GATK 以不再依赖 java 8，即使系统上 java=11 也是可以的。

源码安装软件比二进制软件多了一步编译，这里举两个例子：

我们在下载 SRA 和 ENA 数据库的原始测序数据时，经常要用到一个软件 aspera

安装完成之后，会在家目录生成一个以点号隐藏文件夹 .aspera，为了方便使用，将其添加到环境变量，注意这里是两个大于号 >>表示追加，不要打漏了：

上面这种添加 PATH 的方式虽然可行，但如果需要安装的软件有很多，PATH 就会变得非常臃肿，因此推荐上文提到的将可执行文件软连接到 ~/bin

samtools 是生信分析必不可少的一个软件，不管是什么组学，都需要直接或间接性用到这个软件。该软件为 C 语言编写，安装过程需要编译：

前面提到的 GATK 也是一个 java 软件，不过集成性较高，软件开发团队已经让其可以通过可执行文件的形式调用。接下来介绍另一种 java 程序的调用方法：

其中， xxx.jar 就是下载的 java 程序，调用的时候，需要制定其具体路径，可以用绝对路径，也可以用相对路径。